故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走
小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大
被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成.
小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指
近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机器。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
哈特（山口胜平 饰）是一只被草食性恐龙养大的霸王龙。其实，早在它破壳而出时，草食性恐龙的首领就曾命令哈特的母亲（原田知世 饰）抛弃它，但母亲却最终还是偷偷把它养大。随着年龄的增长，每天只吃野果的哈特每
古莱鲁（爱河里花子配音）和恩恩（玉川纱己子配音）为了早日成为光之美少女的专属精灵，每天在妖精学校刻苦学习。它们的刻苦得到老师的赏识，因此委托古莱鲁和恩恩寻访新诞生的HappinessCharge!光之
在平行世界设立了一所为了培训未来会协助光之美少女的妖精而设立的妖精学校。某天，学校寄邀请函请光之美少女们参加派对，但妒忌光之美少女的学生古莱鲁此时却与被他从“影水晶”中释放出的心之暗影一起行动，并连续
宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外.
