为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子配音）命令大和（小山力也配音）率领小樱（中村千絵配音）、漩涡鸣人（竹内顺子配音）、佐井（日野聪配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此
位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻
