C.E.75 ，战斗还在持续着。　　来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……　　为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。　　就

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。