故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。 　　随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，

本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。

庆历四年四月，近藤先生在流山投降后，土方岁三回到江户，千鹤在去探望总司的路上碰到了为近藤四处求情免死的土方，于是两人一起去探望总司，由此靖兵队在江户的故事就此展开。