故事发生在第一部的四年之后,此时特警K(汤姆•李•琼斯 饰)已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J(威尔•史密斯 饰)则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,.
佛烈到印尼一小岛寻找石油,途中遇偷渡客积斯高与沉船获救的戴安。戴安被士人捉去祭神,原来士人膜拜的金刚是一头身高十丈的大猩猩。金刚对戴安起了怜惜之心,但佛烈却将金刚迷倒,送到纽约展览。金刚醒来却找寻戴安
未来,地球已经无法支持如此之多的人口,所以需要前往宇宙寻找其他适合居住的星球。在寻找适合的星球的途中,人类开始训练猩猩代替人类完成一些简单的工作。在一次飞行任务中,航天员里奥(马克·沃尔伯格 Mark
月球最高监狱,穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯(杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰)越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行,最终被年轻的K(乔什·布洛林 Josh Brolin 饰) 砍掉