大金使节达哈苏出使大明以求两国平和,六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后,其副手俄然发问,里应外合占据了六扇门,目的是要杀死达哈苏,挑起两国战役。面临沦亡,同门惨遭屠杀,玄武小组打开拼死的激战。
一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝,六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈,当玄武小组赶到时,一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标,却在所有人的预想之外……
京城出现天启通宝的假币,皇帝大怒,命六扇门彻查此事,玄武小组成员奉命调查此事,顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系,随着调查的深入,他们发现了柳百川的另一个身份,也由此离真相更近了一步。
张一奉命执行一项任务,不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救,里应外合救出张一,并从倭寇手中救出数名村民,将倭寇头子竹下一郎正法,投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。
一宗多年前的杀人案浮出水面,牵出一个在逃的杀手,六扇门捕快张一和刘魁联手侦查,发现案中有种种蹊跷,就在案情逐渐大白时,刘魁和张一的身份也浮出水面,刘魁为了张一牺牲了自己,而张一则决定和过去诀别。
神秘杀手杀死琴馆盲女,引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现,仍有十枚毒火球流落江湖,并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣!危急时刻,玄武小组再次出战,而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。
多年前一次失误,捕头周冲多名部下丧命玄铁镖,周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架,案发现场竟发现了玄铁镖踪迹,周冲请命重回六扇门,顺藤摸瓜打入敌穴,救出蒋进之女,并一步步接近当年阴谋的真相……
高丽叛军突起,大明援其火器并由高丽将军崔代元押送,不料途中被劫,六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架,陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动,誓在追回火器的同时救出人质,保其忠义两全!