《苍蓝钢铁的琶音剧场版》讲述士官候补生千早群像和同伴们偶然登上了旧时大日本帝国海军的潜水艇“伊401”后发生的故事。男主角千早群像担任“伊401”的临时舰长，女主角伊欧娜则是“伊401”的拟人化形态。

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宇宙帝国“残虐”的舰队突然进攻地球，为了守护爱与梦、和平与人类的笑容，34支超级战队集结迎战，成功将残虐击退，但力量也从此消失。　　时间流逝，残虐再次侵略地球。此时，为寻找最大宝藏的5个宇宙海贼来到了